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关于贝加尔湖的形成以及贝加尔湖海洋生物的身世之谜目前有两种主流说法。
第一种说法：贝加尔湖地区以前是海洋，后来地质变迁，海洋退去，贝加尔湖地势低洼，保存了大量海水，成为潟湖，后来随着降水和大量河流注入，贝加尔湖水的含盐量逐渐下降，最终变成淡水湖，而贝加尔湖里面的海洋生物也是以前生活在此的海洋生物，后来被困在了贝加尔湖，经过长时间的适应，最终成为淡水海洋生物，生物学上称之为海退遗种。这种说法流传很广，影响巨大，被很多人认为是贝加尔湖形成的真正原因，但这种说法近些年来越来越受质疑。
第二种说法:贝加尔湖不是海洋退走后留下的潟湖，而是地壳断裂形成的断层湖，里面的海洋生物不是海退遗种，而是湖中原生的淡水品种或者由其他地方来到贝加尔湖的生物。
比如贝加尔湖最著名的淡水海豹，和北冰洋的环斑海豹是近亲，被认为是由它们分离出来的，北冰洋的环斑海豹通过叶尼塞河及其支流溯流而上，进入贝加尔湖中，沉醉于这里丰富的食物和安全的环境，乐不思蜀，放弃了返回北冰洋，经过长期的适应，成为了新物种——贝加尔海豹，甚至与祖先环斑海豹形成了生殖隔离。
而且贝加尔湖里的其他所谓的海洋生物其实也虚有其名。
贝加尔湖龙虾：其实是淡水螯虾。
贝加尔湖鲨鱼：其实是杜父鱼，跟鲨鱼没关系，是翻译错了，这是一种能在淡水和咸水中生存的鱼类，在北半球广泛分布，中国东北地区也有大面积分布。
贝加尔湖海螺：是一种淡水螺类。
还有一些生物是从其他地方被带入贝加尔湖的，比如贝加尔湖癣虫，原产于印度。贝加尔湖水蛭，原产于中国南方。贝加尔湖蛤，原产于欧洲巴尔干半岛。它们的卵粘在迁移的候鸟羽毛上，被带入贝加尔湖，很多内陆湖泊里有海洋生物也是这个原因。
目前这两种主流观点依旧拥有各自的信众，但越来越多的证据表明，第二种说法更正确，但无法完全否决第一种说法，所以贝加尔湖的身世之谜还没有完全揭开。
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