至少有3个说法，其一是在苏联学习驾驶飞机，飞机失事而亡，结合马仲英确实在苏联学习飞行的事实，这个说法较为可信，这也是国内广为认知的一个说法；其二是参加西班牙战争期间阵亡，这个说法出自哪里不清楚，有点匪夷所思，但不能排除有这个可能性；其三就是在苏联卫国战争中牺牲，结合马彦良的回忆，
上午，俄罗斯归化军在新疆官员的密谋下，发动了军事政变，试图推翻金树仁腐败、独裁的统治。杨正中和金树仁都是甘肃河州人，他手下的士兵大部分是甘肃籍，大伙都知道现在新疆还是甘肃人的天下，如果金树仁倒台，他们一样会成为丧家犬。
马仲英在那个波云诡谲的年代可谓是一个传奇人物，他凭借质量堪忧的武器和稀少的资源组建了一只浩浩荡荡开往新疆的军队，在战争初期取得了一串惊人的胜利，最后在苏俄的武力干涉下惨败溃逃，却又主动接受苏联当局的庇护，客死他乡。
1928年7月7日，樊耀南、张纯熙等人刺杀新疆省主席杨增新，随后持枪直入督署夺取印信，张培元、黎海如、冯梁拥护金树仁，杜国治率200名士兵前来，逮捕处决樊耀南、张纯熙等人，金树仁摇身一变成为省临时主席。
