云南普洱茶渥堆过程中的主要微生物有 黑曲霉 青霉属 根霉属 灰绿曲霉 酵母属 细菌类。在普洱茶大生产发酵渥堆过程中，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉可以产生胞内 胞外 两类酶，有20种左右的水解酶，其中葡萄糖淀粉酶 纤维素酶和果胶酶，可以分解包括多糖 脂肪 蛋白质 天然纤维 果胶 和非可溶性化合物等有机物。
