据《旧唐书·卷六十五·列传第十五》中记载，公元626年六月四日，太子李建成、齐王李元吉想要谋害秦王李世民，李世民出于“自卫”，不得不奋起反击，于是带着长孙无忌、尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝十人来到玄武门，经过苦战，斩杀李建成、李元吉，进而进入皇宫，逼迫唐高祖李渊承认既定事实，封李世民为皇太子，并将军政大事都交给李世民处理。
关于他有没有参加玄武门之变，史书上记载的也不同!《旧唐书·太宗本纪上》:“六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”
唐高祖李渊武德九年六月初四，李世民发动玄武门之变，杀掉了大哥李建成、四弟李元吉和十个亲侄子，瓦岗英雄们在这场骨肉相残悲剧中分成了三派:太子洗马魏征自然是全力支持李建成，已经被李渊赐姓并改名为李世勣的徐懋功保持中立，张亮坚定地站在李世民一边，程咬金在事变前曾劝说李世民早做打算，但他却没有出现在玄武门战场。
秦琼有没有参加玄武门之变，他是忠于李渊还是忠于李世民，这些问题多年来一直没有大家都认可的答案，但是有一点可以肯定:李渊给秦琼的封赏，李世民给不起也不会给，给了秦琼也不敢要——上柱国是武将最高勋位，国公是异姓功臣最高爵位，李世民已经拿不出更高官爵酬谢秦琼了。
