西游世界中，如来虽然是灵山集团掌门人，却并非灵山唯一的佛祖，也不是灵山地位最高的佛。灵山集团有三大佛祖，而如来只能位居第二，那么，这三大佛祖都是谁？原著第七十七回，孙悟空不敌狮驼岭三妖，前往灵山向如来求助。
《西游记》结局，唐僧成为南无旃檀功德佛，孙悟空成为南无斗战胜佛。此时，佛的排位也有了新变化：第一名位是南无燃灯上古佛、第二位是南无药师琉璃光王佛、第三位是南无释迦牟尼佛，也就是如来。那么，为什么如来只排第三，却被最多人朝拜？
同样没有玉帝旨意，龙王敢私自降雨帮孙悟空，为何真武大帝却不敢?没想到真武大帝却告诉他:“我当年威镇北方，统摄真武之位，剪伐天下妖邪，乃奉玉帝敕旨。今蒙大圣下降，不得不行，只是上界无有旨意，不敢擅动干戈。假若法遣众神，又恐玉帝见罪。”
