在刑事案件中,即使已经进行了赔偿,并且对方签署了谅解书,检察院仍有可能选择起诉。这主要是基于以下几个方面的原因:1、谅解书并非免予起诉的法定情形根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定,免予起诉的法定情形主要包括情节显著轻微、危害不大、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等。