相传盘古治世， 功成崩逝， 灵魂脱壳而出，离开身体， 一灵不昧，游行于空中， 因念游魂无赖， 必须再凭父母精炁成形， 投胎转世，方不失本来面目， 如不从胞胎孕育，终是清虚之炁而已， 有一次灵魂随风飘至弗于逮， 见一太元圣女， 四十馀岁， 独自在嵯峨山中， 餐霞伏炁， 圣女每天到峰头採取日月精华， 盘古喜其贞节， 趁太元圣母仰天呼吸之际， 化为清光， 投进她的口中， 怀孕十二年， 始化生于脊旅之间， 卽是元始天尊。
《》第一次提到元始天尊是在出世时，因为哪吒乃灵珠子转世，他是衔使命出生的，一出生便注定以后要当伐纣的先行官，而这个使命便是元始天尊赋予的，所以元始天尊特意派白鹤童子持玉札到乾元山金光洞，命太乙真人送灵珠子下山。
据《历代神仙通鉴》记载，元始天尊“顶负圆光，身披七十二色”，故供奉在道教三清大殿中的元始天尊一般都头罩神光，手执黍珠，或者左手虚拈，右手虚捧，象征“天地未形，混沌未开，万物未生”时的“无极状态”和“混沌之时，阴阳未判”的第一大世纪，故以阳生阴降、昼短夜长的冬至日为元始天尊的圣诞。
