1955年，苏丹中央政府决定派500名士兵前往南方赤道省，将原驻防部队换防到北方，这一意在调虎离山、控制南方的举措被南方部队拒绝，在8月18日爆发了托里特兵变，叛乱部队杀死了赤道省军团中的北方人，第一次内战爆发。
2005年1月9日，南北苏丹双方签署《全面和平协定》，结束长达二十一年的内战。协定赋予南苏丹地区的自治权，成立过渡性质的南苏丹自治区和自治政府，苏丹北部实施的伊斯兰律法在南方地区不适用，并同意签署了于2011年1月9日举行决定南苏丹地区是否独立的公民投票。
南苏丹是世界上战乱最频繁、饥荒最严重的国家之一，所有的国民都过着朝不保夕的生活。2011年前，苏丹的国土面积约为249.58万平方公里，是全非洲最大的国家，而2011年之后，南苏丹带走了62万平方公里，虽然南北苏丹曾经是一个国家，但事实上一直貌合神离，南苏丹的独立是必然的结果，为此，苏丹付出了200多万人死亡、500多万人流离失所的代价。
