朱允炆任命朱棣为监国后，朱棣常驻于皇宫的文华殿。他以监国的名义，强令各处效忠于朱允炆的大臣和将领回京。齐泰，黄子澄以及铁铉等效忠于朱允炆的大臣，明知道回京难逃一死。但还是碍于朱允炆被控制在朱棣手里，被迫回到京城。
洪武三十一年，明太祖朱元璋驾崩，临终前他留下这样两句话，第一句话藩王必须削，否则皇帝就别想当安稳，第二句话如果朝内有奸臣，藩王可起兵清君侧，这两句话都是为了朱允炆，安安稳稳做皇帝，可令他没想到，短短一年不到，四儿子燕王朱棣起兵造反，并最终成功夺权，史称靖难。
明成祖朱棣以边藩篡逆，导致自己的侄子建文帝死亡，为给天下交代，就给建文帝扣上了擅改祖制之罪，因此燕王朱棣起兵是合理合法的，是在为维护祖训。燕王朱棣登基成了明成祖永乐大帝，之后其一系列的洗白自己的举措，明朝灭亡倒计时开始计时。
公元1402年，建文四年六月十三日，大明燕王朱棣的靖难大军终于抵达应天城下，金川门守将李景隆、谷王朱橞匆忙开门投降，执政不过4年时间的建文帝朱允炆最终焚宫失踪，朱棣就此登基继位，是为“明太宗”，后更为“明成祖”。
