子午是指时辰，流是流动，注是灌注，子午流注理论是把一天24小时分为十二个时辰，对应十二地支，与人体十二脏腑的气血运行及五腧穴的开合进行结合，在一日十二时辰之中人体气血首尾相衔的循环流注，盛衰开合有时间节奏、时相特性。
保持生物钟的稳定是身心健康的关键，所以平时要求大家不要熬夜，日出而作，日落而息，生活有序，工作有常。人的运动能力随着一天时间的推移，会出现三个高峰期:8 点至 12 点，14 点至 18 点，19 点至 21 点。
子午流注针法不是特指一种针法，而是一类针法，临床上常见的主要有四种:金代何若愚《子午流注针经》的养子时刻注穴法、明代徐凤《针灸大全》的纳甲法、高武《针灸聚英》的纳子法、及现代北京中医学院单玉堂先生的“单氏一四二五三零”开穴法。
子午流注针法是中医针灸根据天人相应的理论发现的人体的一种规律，即中医有12条经络对应12个时辰，12个时辰就是12地支，每个时辰因经脉气血的不同而有盛有衰，根据经脉的盛衰开合，进行针灸，而达到一种事半功倍的效果。
《灵枢·阴阳系日月》中阐明了地支与十二月份相配，其中子为十一月，午为五月。《子午流注针经》中对“流注”的解释:“流者行也;注者住也。盖流者要知经脉之行流也;注者谓十二经脉各至本时，皆有虚实邪正之气，注于所括之穴也。夫得时谓之开，失时谓之合。”
