Mean Reads per Cell。每个细胞测到的平均reads，一般是Number of Reads 除以Estimated Number of Cells的数值，至少测到20K reads才能反映真实的细胞状况，比较好的数据推荐测到30k reads/cell以上。
火龙果具有耐受干旱压力的能力，并且可以在不太肥沃的土壤中生长，因此可以促进这些地区的经济。Hylocereus属由14个不同的物种组成，最常见的是Hylocereus undatus，Hylocereus megalanthus和Hylocereus costaricensis。
这个词一般就代表这篇文章数据上传到NCBI的数据编号，GSE是基因表达数据库，我们先找到这个文章的项目号PRJNA340947，然后找到找SRA数据编号SRP083700，然后选择一个数据下载比如这个SRR4098209， 点Run→Data access，最后随便用什么下载上传到服务器就可以了。
Difuse大B细胞淋巴瘤是非霍奇金淋巴瘤最常见的亚型，每年占NHL新发病例的30%。虽然大约有50-60%的人患者通过R-CHOP免疫化疗治愈，超过30%的患者对这些方案难治或缓解后复发，预后特别差。
总结三者联合生信分析的优势有:1) 综合考虑细胞表达谱和空间位置信息:单细胞测序能够获得单个细胞的基因表达谱，空间转录组测序能够反映细胞在组织中的空间位置信息，联合两者可以更好地理解细胞在组织中的功能和相互作用关系。
近日，浙江大学科研团队在Nature Communications上发表了题为De novo analysis of bulk RNA-seq data at spatially resolved single-cell resolution的研究论文。
Tu Z， Ouyang Q， Long X， Wu L， Li J， Zhu X， Huang K. Protein Disulfide-Isomerase A3 Is a Robust Prognostic Biomarker for Cancers and Predicts the Immunotherapy Response Effectively. Front Immunol. 2022 Mar 25;
我在学徒作业:7种肠道正常上皮细胞亚群标记基因是否有可取之处也提到过，2021年发表在Cell 杂志的文章:《Differential pre-malignant programs and microenvironment chart distinct paths to malignancy in human colorectal polyps》把上皮细胞首先区分成为了恶性的癌症细胞，主要是:ASC – adenoma specific cells，SSC – serrated specific cells。
提起生信分析，大家脑子里蹦出来的第一个想法是不是找转录组或者基因组数据?转录组数据确实也是生信分析应用最普遍的数据，既然应用这么普遍，研究数量这么多，那么创新性相对也就被弱化了，所以我们是不是应该考虑换一种想法，换一种数据试试呢?
