康熙皇帝即位以后，认为“太宗皇帝时，蒙古各部落尽来归附，设立理藩院，专管外藩事务，责任重大，今作礼部所属，于旧制未合。嗣后不必兼礼部衔，仍称理藩院尚书、侍郎，其印文亦著改正铸给”，理藩院开始完全从礼部独立出来，1662年又设立理藩院四司:录勋司、宾客司、柔远司、理刑司。
我们以大唐为例啊，大唐是三省六部制，其实至今，日本还保留不少大唐官署的设置呢。大唐时期的官署设置，首先是三省六部制，三省就是中书门下尚书三省，六部估计很多人都熟，一直到大清，这六部也没变，就是吏户礼兵刑工，您看我背的都滚瓜烂熟的。
在边疆，清朝施行与内地不同的行政区划制度，乃由中央设辖区，委派重臣，如在东北地区设奉天、吉林、黑龙江及在外蒙古设乌里雅苏台、在新疆设伊犁5个将军辖区，但伊犁将军一直待在中原，在西藏、西宁设办事大臣辖区，连同内地18省，全国共为26个政区。
