1856年第二次鸦片战争爆发后，在争夺中、近东霸权的克里米亚战争中败于英法的沙俄，立即采取“失之东隅、收之桑榆”的策略，一面令东西伯利亚总督穆拉维约夫乘机扩大武装占领中国黑龙江地区的行动，一面派遣侍从将军普提雅廷出使中国，执行特殊的外交使命。
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康熙皇帝即位以后，认为“太宗皇帝时，蒙古各部落尽来归附，设立理藩院，专管外藩事务，责任重大，今作礼部所属，于旧制未合。嗣后不必兼礼部衔，仍称理藩院尚书、侍郎，其印文亦著改正铸给”，理藩院开始完全从礼部独立出来，1662年又设立理藩院四司:录勋司、宾客司、柔远司、理刑司。
