首先这个问题其实应该分成两部分，第一部分就是努尔哈赤家族整个皇室属于哪个旗，第二部分是，当朝皇帝整个家庭属于哪个旗，1、最早，1589年以前，努尔哈赤整个皇室都是黑旗，努尔哈赤和弟弟舒尔哈齐在侄女婿也是主人，朝鲜族明朝辽镇总兵李成梁的帮助下，，上抚顺赫图阿拉、佛阿拉等地建立势力，第一个旗，就是黑旗，2、1589年，人口扩大，丹东各族来投有了五大臣，黑旗一个旗容纳不下不行，就有了白旗，舒尔哈齐分了过去，皇室家族分在两个旗白旗黑旗，白旗后来有改名黄旗，但是皇帝全家应该算还在黑旗。
在明朝末期，女真族崛起，努尔哈赤以13副铠甲骑兵，短短几年间就一统女真族。在努尔哈赤南征北战时，他手下的女真八旗为他立下了汗马功劳。女真八旗在1601年组建，最初建立时有正黄、正白、正红、正蓝四旗，后又增加了四旗镶色旗。
首先大家要晓得的是:八旗，并不是“八个部队”的意思，满清所谓的“旗”，既有战斗人员，也有生产人员，还有行政人员，“旗”既是战斗单位，也是生产单位，还是行政管理单位，简单地说，满清的“旗”= 部队+政府+生产队+眷属。
自此，努尔哈赤正式走上了统一女真之路:他先从统一建州诸部开始，一点点发展壮大起来。即使后来增设到八个旗，按照八旗最小的作战单位:一牛录为300人，努尔哈赤早期的八旗军每一旗也才7500人，7500再乘以8也就是刚好6万人。
八旗的雏形来自于明代女真族的射猎小队“牛录”，“牛录”是女真族早期的一种临时性组织，在狩猎时，女真族会将每十个人编为一个小组，名为“牛录”，每个“牛录”再选出一位首领，首领称为“牛录额真”，这九名组员必须各送一支箭给首领。
