但最近发表在严肃医学期刊上的一个临床研究结果却说，吃益生菌对改善便秘并没有什么用。通过多年的探索，在该领域已取得数项原创性进展， 发表SCI论文130余篇，其中不乏国际核心期刊，如Gastroenterology、Gut、J Hepatl、Adv Sci、Cancer Research、FASEB J、J Biol Chem等;
上海市第十人民医院消化内科主任赵严表示，一些肠道菌群失衡的病人，在服用益生菌的过程中，尤其是刚刚开始补充益生菌前1-4周，会出现“症状加重”的假象，如便秘、腹泻、腹痛、胀气等较原来加重，这是益生菌与有害菌斗争的结果，医学上把这种现象叫做赫氏消亡反应。
肠道是人体最大的免疫器官，有七成以上的免疫细胞集中在肠道，如巨噬细胞、T细胞、NK细胞、B细胞;对于大多数人来说，益生菌对人体的好处包括支持免疫功能和消化道健康，减少抗生素的副作用，协助缓解消化系统不适，提高对感染性疾病如感冒的抵抗能力，改善乳糖的吸收等。
便秘是一种常见的胃肠道疾病，患者通常伴有腹痛、腹胀等现象，严重影响患者生活质量。近年来，越来越多的人意识到益生菌在缓解便秘中的重要作用，尤其在新生儿群体中，益生菌的应用更加广泛，一方面是因为新生儿用药需要更加谨慎，另一方面，益生菌在调理肠道菌群、缓解便秘中的作用逐渐显现，所以在现实生活中，益生菌受到医生和患儿家属的格外青睐。
