亲子鉴定主要是鉴定人体里面的DNA，所以所有人体有细胞核的细胞都可以用来进行DNA鉴定。其中最常用的样本是血液、血痕、带毛囊的毛发、口腔粘膜细胞等，其它检材如精斑，混合斑，肌肉，牙齿，骨骼，甚至胎儿的羊水等都可以采用。
手动拔下来的头发是可以用于做DNA亲子鉴定的，由于细胞核DNA只存在于毛根部分，所以只有带毛根的头发才能用于做定居亲子鉴定，毛干仅含有线粒体DNA，由于线粒体DNA的突变率高，因此毛干不适合做亲子鉴定。
无创胎儿亲子鉴定，也叫无创孕期亲子鉴定，是在孕妇怀孕达到五周后，通过抽取手臂静脉血，利用新一代DNA测序技术对母体外周血中的游离DNA片段进行测序、生物信息分析，从中得到胎儿的遗传信息，与疑似父亲的遗传信息对比，来确认亲子关系，肯定亲子关系的准确率为99.9999999%，否定亲子关系的准确率为100%。
