合肥学院生物工程专业前身是1986年中德共建应用微生物专业，2000年建立生物工程专业。2008年入选国家级特色专业，同年获批安徽省微生物学重点学科，2012年获批安徽省专业综合改革试点专业，2017年进入安徽省本科第一批次招生，2018年获批安徽省“卓越工程师教育培养计划”，2019年入选国家级“一流本科专业建设点”。
