洪武三十年的南北榜案，未能从根本上改变明朝开国面临科举南北失衡的局面。而朱元璋的南北榜科举也仅仅是为了安抚北方士子的人心。因此，南北榜案的遗波并未消失。南北榜案之后，根据有统计，在整个朱元璋执政的洪武时期，包括南北榜在内，录取各科进士共867人，其中南方籍620人，占总数的71.
“洪武三十年丁丑科，试官刘三吾、白信稻，取宋琮等五十一人，中原西北士子无登第者。这是在《明朝小史·第二卷》中的一段记载，说的是当年二月份科举考试录取的五十一个人居然全部都是南方人，这事引起了众多北方学子的不满，联名上书，质疑主考官刘三吾等人舞弊、偏袒南方人。
