切割第一类分子的工具是限制性内切核酸酶简称限制酶，这种酶主要是从原核生物中分离纯化出来的。在基因工程操作中，DNA连接酶主要有两类，一类是从大肠杆菌中分离得到的，称为E.coli DNA连接酶，另一类是从T4噬菌体中分离出的，称为T4 DNA连接酶。
