万历四十四年，奉命率部驻防在额尔齐斯河中游两岸、雅梅什湖一带，开始独当一面。彼时，沙俄正加紧东扩，触角伸向了额尔齐斯河附近，崇祯七年，沙俄侵入巴图尔珲台吉的驻牧地雅梅什湖，巴图尔珲台吉亲率200多骑兵，将沙俄先遣队全歼于雅梅什湖，迫使沙俄放弃进一步南下的企图。
电视剧康熙王朝里有这么一段剧情，施琅的福建水师即将攻克金厦三十六岛，此时前线战报送到京城，康熙正准备出发前往盛京会见蒙古王公，临行前，曾经问道："准噶尔的噶尔丹有什么反应？"这是噶尔丹这个名字第一次呈现在公众面前。
噶尔丹是清朝顺治和康熙时期的蒙古准噶尔部首领，正是他带领蒙古准噶尔部建立了横跨欧亚大陆的准噶尔汗国，并且他建立的准噶尔汗国一度与清朝并立，对康熙、雍正以及乾隆三代皇帝都造成了极大的困扰，下面就来说说噶尔丹有什么实力可以和康熙对抗，屡次挑战大清王朝。
噶尔丹，姓绰罗斯氏，又作嘎尔旦、噶勒丹，号博硕克图汗，系厄鲁特蒙古准噶尔部首领巴图尔珲台吉第六子，生于1644年，这一年正是大清帝国入主中原的关键时刻，其人颇具雄才大略，自幼“喜奉释氏，有大志，好立奇功”。
在西藏的宗教传统中，挑选达赖和班禅的方式，都是通过转世灵童来实现的，不管你到底有没有那个才能，不管你的出身到底如何，反正只要布达拉宫的人认为你是转世灵童，那么，哪怕再是不愿，除非死亡，否则即使只是一个傀儡，也得好好端坐在布达拉宫之中，著名的六世达赖喇嘛仓央嘉措就是最好的例子。
噶尔丹通过把准噶尔首领的台吉地位上升为汗王地位，在1678年正式建立了一个汗国。因1635年卫拉特盟主固始汗遣使归顺后金，且1646年卫拉特各部首领联名归顺清朝，所以噶尔丹改变了卫拉特与清朝的主从关系，标志着卫拉特蒙古的重新独立。
