《显微镜下的大明》中最终结局皆大欢喜,坏人如毛攀凤、宋仁、马文才、范渊、卢飞龙等都受到了应有的惩罚,仁化县所承担的人丁丝绢税也减免了三分之二,帅家默、丰宝玉也洗刷了冤屈,并且还教会了百姓推步聚顶之术,重新丈量了田亩,程仁清也改邪归正,迎来了新的生活。