相传盘古治世， 功成崩逝， 灵魂脱壳而出，离开身体， 一灵不昧，游行于空中， 因念游魂无赖， 必须再凭父母精炁成形， 投胎转世，方不失本来面目， 如不从胞胎孕育，终是清虚之炁而已， 有一次灵魂随风飘至弗于逮， 见一太元圣女， 四十馀岁， 独自在嵯峨山中， 餐霞伏炁， 圣女每天到峰头採取日月精华， 盘古喜其贞节， 趁太元圣母仰天呼吸之际， 化为清光， 投进她的口中， 怀孕十二年， 始化生于脊旅之间， 卽是元始天尊。
《》第一次提到元始天尊是在出世时，因为哪吒乃灵珠子转世，他是衔使命出生的，一出生便注定以后要当伐纣的先行官，而这个使命便是元始天尊赋予的，所以元始天尊特意派白鹤童子持玉札到乾元山金光洞，命太乙真人送灵珠子下山。
在道教信仰体系中，元始天尊不仅是宇宙万物的创造者，更是天界的主宰，其地位崇高无比。《元始上真众仙记》中描述，鸿蒙未剖之时，虚无之中有一点灵气，这团灵气逐渐凝聚成一团元光，化为了无极之主，这便是元始天尊的初始形态。
又云:“视之不见名曰夷，听之不闻名曰希，搏之不得名曰微，此三者不可致诘，故混而为一。”正是这些深邃的哲学思考，为道教衍化出居于三清胜境的三位尊神《集说真诠》云“三清者，玉清圣境，元始居之，上清圣境，灵宝居之，太清之境，老君居之。”
