《黑神话：悟空》的故事开始于西游师徒取经任务圆满完成之后。游戏伊始，已经封位“斗战胜佛”的孙悟空决意放弃佛位，回到花果山“退休”。天庭派出二郎神率领天兵天将再临花果山，以屠戮花果山为挟“请”回悟空。两人再次在云端单挑斗法，天地为之震动。
玩黑神话通关感慨良多，就整体剧情而言，其文学性极高。游戏中隐喻、暗喻与讽刺交织，明线暗线丰富饱满，足见编剧对原著的深刻理解。先看明面上的主线，悟空取经成佛后，实则并未摆脱金箍的控制。因不想被束缚，悟空再度大闹天庭。为何是天庭而非灵山呢？金箍虽为如来所给，但悟空却选择向天庭发难。
不玩黑神话不知道自己手残，居然在广智这里就卡了半天，在白衣秀士这里又卡半天，好在黑熊精倒是一次过。先来说说这个六根，盗袈裟是八十一难里面的第一难，在此之前，唐僧刚在五行山收了悟空，路遇一伙盗贼，这伙人名字特别奇怪，原文记载:一个唤作眼看喜，一个唤作耳听怒，一个唤作鼻嗅爱，一个唤作舌尝思，一个唤作意见欲，一个唤作身本忧。
在《黑神话：悟空》第一回中，玩家会在林子中发现一只吊死的白狼，而吊死的白狼是老凌虚子，在影神图中，有描写到黑风山中此前的故事，部分内容是改编了《西游记》黑风山偷袈裟的章节。老凌虚子在黑风山故事中也算是一个偏“悲剧”的人物。
《黑神话悟空》序章交代的大背景:《黑神话悟空》的故事发生在《西游记》原著之后，相当于“西游后传”。孙悟空取经成佛后，某日，竟再反天庭，与二郎神杨戬大战，身死，化成六大碎片，参照佛教“六根”，命名为眼看喜、耳听怒、鼻嗅爱、舌尝思、身本忧、意见欲。
