农业生产中一些用户把菌肥与菌剂混淆了。生物有机肥含菌的浓度很低，它更偏向于有机肥。这类微生物菌剂应用于农业生产时，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物的养分供应量，或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境。
