有人认为，自然的食品是安全的，而转基因食品来自人工改造过的作物，是不安全的。此外，安全性只是相对的，对于一部分人群安全的食品，对另一部分人不一定安全，如虾、蟹等海鲜食品是大多数人的美味佳肴，但对少数人则产生过敏反应。
我国开展转基因生物安全评价，遵循国际公认的理念和原则。对转基因生物及其产品的评价应建立在科学、客观的基础上，充分应用现代科学技术的研究手段和成果对转基因生物及其产品进行科学检测、分析和评价，并接受科学界的同行评议。
任何食物包括转基因食品中含有的基因和蛋白质等，都不能在消化道长时间保持原状，都会被“一视同仁”消化分解吸收代谢，因此转基因食品在人体中没有“累加效应”，不会随着摄入量的增加在体内积累，也就没有产生长期影响的物质基础，更不会改变我们的基因，影响后代。
多年来，公众因为信息不对称、认知有偏差等原因，对作为新生事物的转基因存有争议与疑虑，这都是正常的。《十八大以来重要文献选编》上册收录了习近平总书记对转基因问题的看法，“转基因是一项新技术，也是一个新产业，具有广阔的发展前景”。
