上回说到，清军收复和阗六城，富德很快稳定了局势，形成从侧翼对叶尔羌的夹击之势。此刻坐镇阿克苏的兆惠，闻讯大喜，于是计划趁着六月初麦收季节，亲率主力南下，与富德两路夹击叶尔羌，以报黑水营被困三月的一箭之仇。
乾隆二十年，经过70多年的苦战，清军终于二次攻破伊犁，剿灭了准噶尔汗国最后的实力派领袖阿睦尔撒纳的叛乱，底定天山以北的北疆地区，中亚“扛把子”的准噶尔汗国彻底被大清帝国锤灭，乾隆还从内地迁移大量移民来充实北疆，并推出了伊犁将军府、伊犁四营、伊犁九城等一系列巩固北疆的统治措施，也正因如此，此后除了阿古柏之乱期间，北疆的局势一直都很稳定。
乾隆二十四年（1759年），清军彻底平定大小和卓之乱，天山南北纳入大清帝国版图。由于此前准噶尔汗国经常性的降而复叛，再加上天山以南的和卓残余势力依旧存在。于是，乾隆决定在新疆实行军政一体的伊犁将军管辖体制，并从内地和东北、蒙古等地抽调精锐到新疆驻防。
