直接原因是,噶尔丹吞并喀尔喀蒙古,借追击喀尔喀溃兵为由,深入到内蒙古地区,直接威胁到北京的安全。康熙第一次用兵时,噶尔丹的势力已经扩张到明长城附近,康熙三次用兵准噶尔,都是在现在的外蒙古地区交战,和汉武帝反击匈奴是一样的道理。
康熙二十九年的乌兰布通之战中,因为清军主将福全的疏忽大意,导致准噶尔军突破清军重围,重返西域,康熙虽夺取了漠北喀尔喀蒙古旧地,并在此驻扎清军将漠北纳入大清直辖,是为外蒙古,极大地拓展了大清帝国的战略空间。
漠西厄鲁特蒙古准噶尔部首领噶尔丹汗为实现其一统蒙古诸部、独霸西北的政治野心,在沙俄帝国的怂恿支持下,于康熙二十七年出军进攻漠北喀尔喀蒙古诸部,并借口追击土谢图汗残部,挥军挺进到内蒙乌珠穆沁,与清朝驻军发生直接军事冲突。