深圳两证一书的时间节点是1993年宝安县改区之前，由村镇建设办审批过的宅基地而颁发的正规报建手续资料，后来由于房本改革和一些特定的历史背景下，很多两证一书建成后并没有验收换成房本，两证一书能证明的是这栋房子是经过正规报建，土地属于居住用地，从这点来看至少房子不会因为非法用地而被强拆，在城市更新旧改过程中也是重要的确权材料。
但是，近年来有多次城中村旧改项目，都有被拆迁人拿到了补偿，由此可见，小产权房也是有赔偿的。根据实践经验，可以在一定程度上承认小产权房的合法性，并在补偿范围、补偿标准与补偿方式上进行一定的变通，给予小产权房所有权人合理的权利保护。
