建国初期,我军各特种兵部队和领导机关的建设问题,已经摆在了军委领导者们的面前。1950年3月10日,总参聂荣臻代总长向军委主席毛泽东,汇报关于一九五0年的军事工作安排,其中说到:对本年内军委机关建设和准备整编国防军工作,安排如下:军委机关工作建设,拟以参照科托夫所提总部机构建设方案,依我之需要与可能,分别缓急,逐步进行。
1950年11月,华南军区海军司令部改编为中南军区海军,方强任司令员兼政委,周仁杰任副司令员。成立时的中南军区海军单位编制为正军级单位,1951年10月,中南军区海军受军委海军和中南军区双重领导,由正军级上升为执行兵团级权限。