建国初期，我军各特种兵部队和领导机关的建设问题，已经摆在了军委领导者们的面前。1950年3月10日，总参聂荣臻代总长向军委主席毛泽东，汇报关于一九五0年的军事工作安排，其中说到:对本年内军委机关建设和准备整编国防军工作，安排如下:军委机关工作建设，拟以参照科托夫所提总部机构建设方案，依我之需要与可能，分别缓急，逐步进行。
1950年11月，华南军区海军司令部改编为中南军区海军，方强任司令员兼政委，周仁杰任副司令员。成立时的中南军区海军单位编制为正军级单位，1951年10月，中南军区海军受军委海军和中南军区双重领导，由正军级上升为执行兵团级权限。
