农业生产中一些用户把菌肥与菌剂混淆了。生物有机肥含菌的浓度很低，它更偏向于有机肥。这类微生物菌剂应用于农业生产时，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物的养分供应量，或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境。
随着有机、绿色及无公害农作物种植面积的扩大，生物菌肥应用量在逐年增长，目前，市场上生物菌肥种类很多，功能各异，农户使用了以后有的效果好，有的效果差，如何克服生物菌肥使用方法的误区提高生物菌肥的利用率，熟悉生物菌肥的特性，通过正确使用保证稳定的肥效显得尤为重要。
