秦孝公听完商鞅提出的一整套富国强兵的变法求新远大发展策略，决定在国内进行变法，但又害怕国人议论纷纷，于是公召开朝会命臣工商议此事，会议一开始便遭到了旧贵族代表甘龙、杜挚为中心的上层贵族的反对，商鞅在此次会议中可谓是舌战群儒，这是以历史进化的思想，驳斥了旧贵族所谓法古、循礼的复古主张，为实行变法作了舆论准备，在得到秦孝公的大力支持下，变法就此开始展开，首先在全国范围内登记户口，禁止百姓擅自迁居，将山川湖泽等自然资源收归国有，禁止私人进入谋生，为了刺激农业的生产，禁止农民购买粮食，迫使农民专心务农，实行愚民政策，隔绝农民与知识的接触，强迫农民心如止水，使农民愚守于耕种，为了抑制商业的发展，规定定商人不得卖粮，提高酒肉价格、加重商品销售税，商人必须为军队提供兵器铠甲，加重交通要道市集的税赋 ，商人的奴仆必须服役等等，这是商鞅制定的第一部法令《肯草令》，法令中的一些规定就算时至今日也难以接受，更何况在公元前的那个时代，其中法令还有削弱贵族、官吏的特权的规定，让国内贵族必须加入到农业生产中，这在封建社会中无疑触会涉及到统治阶层的利益。
受到影视及文学作品影响，不少网民根据秦军攻灭六国的赫赫武功，得出了秦国通过商鞅变法“开创”了军功爵位制这一“先进制度”，为社会底层平民提供了实现阶层跃升的上升通道，使得秦人人人愿战，人人喜战，进而为秦军提供了源源不断的兵员和强大的战斗力。
变法之争结束后，秦孝公于前359年命商鞅在秦国国内颁布《垦草令》，作为全面变法的序幕。主要内容有:刺激农业生产、抑制商业发展、重塑社会价值观，提高农业的社会认知度、削弱贵族、官吏的特权，让国内贵族加入到农业生产中、实行统一的税租制度以及其他措施。
