1月28日是春运的第一天，南京南站于候车大厅举办“情满旅途、福玉运来”的送福进万家活动，将江苏省书法协会的手写福字和春联分发给旅客，以图一个“带福进家门”的好兆头。今年，南京南站的春运首日客流量较往年同期有了大幅减少。
据国家卫健委官网消息，11月11日0—24时，31个省和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例98例。目前北京市疾控中心实验室已完成5例确诊病例病毒全基因组测序，序列分析显示，病毒均属于Delta变异株，与我市丰台区、海淀区、昌平区关联聚集性疫情传播分支早期病例的基因序列高度同源，属于同一传播链条的可能性较大，同时不排除存在早期京外输入潜在感染者导致传播的可能，此起疫情详细的流调溯源工作仍在开展中。
3月31日16时至4月1日16时，南京市新增1例新冠病毒阳性感染者。该感染者3月31日从上海虹桥站乘坐D2282次动车，于当日23时18分抵达南京南站中转换乘，因接上海方面告知其核酸检测阳性，相关部门当即采取措施，将其闭环转运至市公共卫生医疗中心。
南京南站作为交通枢纽许多乘客会在此中转换乘为了方便旅客站内设置了便捷通道不用出站即可搭乘中转换乘电梯直达候车室目前为了配合疫情防控工作中转换乘的便捷通道暂时关闭南京南站派出所民警张楠介绍如果旅客需要换乘的话必须要在下车之后先出站进行红外测温和登记健康码的工作再根据导向标识进站进行
